Zu den gängigsten „Kritiken“ gegenüber Tarek Baé gehört der Vorwurf, in irgendeiner Weise Verbindungen zur Türkei, speziell der türkischen Regierung rund um Präsident Erdogan und seine Regierungspartei AKP. Im Tagesspiegel wird er z.B. als „Erdogans Abwehrriege“ bezeichnet. Das ist unwahr. Tarek Baé hat keine türkische Abstammung, arbeitete auch nie für die türkische Regierung und veröffentlichte auch nie Meinungsmache im Auftrag der türkischen Regierung. Im Jahr 2019 hielt Tarek Baé für wenige Monate eine Teilzeitstelle als Forscher bei der türkischen Stiftung SETA, die selbst wiederum Nähe zur türkischen Regierung hat. Tarek Baé veröffentlichte in dieser Funktion zwei eigene Forschungsarbeiten, eine über Pressefreiheit in Deutschland und eine kürzere über Angriffe auf Moscheen in Deutschland. Er kritisierte andere SETA-Arbeiten und trennte sich von SETA im Rahmen eines SETA-Berichts über Journalisten in der Türkei.

Tarek Baés Beiträge sind öffentlich. Es wird sich in seiner gesamten Biografie kein propagandistischer Beitrag für die türkische Regierung oder gegen Gegner der türkischen Regierung finden lassen.

Tarek Baé publiziert ausdrücklich gegen Antisemitismus. Es gibt keine geheimen Inhalte Baés, in denen er gegenteilige Positionen bezieht. So baut auch sein Buch „Die neuen alten Deutschen“ zu großen Teilen auf der Notwendigkeit des Kampfes gegen Antisemitismus auf.

Tarek Baé ist nicht türkischstämmig und publiziert somit auch nicht auf türkisch. Logischerweise gibt es auch keine rechten Publikationen Baés auf türkisch. Das würde selbstverständlich seinem gesamten Profil widersprechen. Der Vorwurf basiert auf der rassistischen Fehlannahme, Tarek Baé wäre türkeistämmig. Des Weiteren publiziert Tarek Baé auch nicht „links“ auf deutsch. Diesen Anspruch erhebt er nicht.

Tarek Baé pflegt kooperative Beziehungen zur Islamischen Gemeinschaft der Bosniaken in Deutschland, z.B. in Form von Bildungsseminaren im Medienbereich, welche wiederum theologisch und historisch mit der Islamischen Gemeinschaft in Bosnien und Herzegowina verbunden ist. Eine direkte Verbindung der bosnischen Gemeinden in Deutschland mit der SDA besteht somit nicht, logischerweise auch keine von Tarek Baé. Solche Vorwürfe, die unter serbisch-nationalistischen Kreisen auftauchten, haben wohl zum Zweck die journalistische Aufarbeitung des Genozids an Bosniaken zu behindern.

Tatsächlich war Tarek Baé im Jahr 2009 der erste Schüler, der sein Schulpraktikum in der Parteizentrale der SPD, im Willy-Brandt-Haus, absolviert hat. Tarek Baé ist jedoch weder Mitglied der SPD noch hat er je für die SPD gearbeitet.

Tarek Baé steht der Muslimbruderschaft kritisch gegenüber. Sowohl in seinem Buch „Die neuen alten Deutschen“ als auch in diversen anderen Aussagen kritisiert Baé die Muslimbruderschaft. Tarek Baé kritisiert aber auch den inflationären Vorwurf, Vereine oder Einzelpersonen in Deutschland wären Teil der Muslimbruderschaft. Baé argumentiert, damit ginge oft eine falsche Verdächtigung und soziale Ächtung einher.

Tarek Baés Publikationen mit Bezug zu Russland oder der Ukraine sind kritisch gegenüber der russischen Regierung. Auch hier sei darauf hingewiesen, dass Baés Aussagen völlig öffentlich sind und entsprechend beachtet werden können. Eine Verbindung zum European Muslim Forum (EMF) oder dem Gründer Niyazov besteht nicht. Niyazov traf Tarek Baé im Rahmen der Planung vermeintlicher Sportveranstaltungen und warb um Baé als Mitglied beim EMF, was Baé aber nie war oder wurde. Als Niyazov das kurzzeitig so scheinen ließ, erzwang Baé eine sofortige Löschung dieser Behauptung Niyazovs.